应联系当地政府或农业农村部门解决厕所改造工程款项未结清问题。根据相关政策，厕所改造款项通常由当地政府管理，若不及时处理，可能导致您的合法权益受损，影响工程款的回收。《农村厕所改造相关政策》
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联系政府解决。具体操作：1.收集证据，包括合同、施工记录、验收报告等；2.前往当地政府或农业农村部门，说明情况并提交证据；3.跟进处理进度，若政府未能解决，可考虑法律途径，如起诉或仲裁；4.在整个过程中保持沟通，确保问题得到有效解决。
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处理厕所改造工程款项未结清，常见方式有协商、调解、仲裁或诉讼。建议先与对方协商，协商不成可考虑向当地调解机构申请调解，若仍无法解决，则可依据合同选择仲裁或向法院提起诉讼。