对于员工离职时拒绝交接的情况，公司不能直接扣除其工资或奖金作为惩罚。根据《劳动合同法》等相关法律法规，工资的支付应当遵循合法、公平的原则。公司可以与员工约定支付经济补偿金需要在完成工作交接之时支付，或者在单位规章制度中规定不办理工作交接给单位造成损失的需承担赔偿责任，但不能直接以此为由扣除工资或奖金。法律依据为《劳动合同法》第三十条，即用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
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从法律角度，公司可通过以下方式确保员工离职交接顺利进行：1、制定明确的离职交接流程和规章制度，确保员工知晓并遵守。2、在劳动合同中明确约定离职交接的相关条款，包括交接时间、内容和责任等。3、加强与员工的沟通，了解其离职原因和困难，协商制定合理的交接方案。4、对于不配合交接的员工，依法采取相应措施，维护公司合法权益。
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若员工离职交接不配合，公司可采取以下操作：1、与其协商，明确工作交接是离职的必要条件，且经济补偿金等将在交接完成后支付。2、依据单位规章制度，书面通知员工在规定时间内完成工作交接，否则将按规章制度处理。3、若员工仍不配合，且因此给公司造成损失，可依据规章制度追究其赔偿责任。